2004年
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该年度之公民投票案，由时任总统陈水扁依《公民投票法》的“防御性公投”条款提出，于2004年3月20日与总统选举同日同时举行。
案次
主题
同意
不同意
无效票
投票人数
投票权人数
投票率
投票结果
得票
%
得票
%
1
强化国防[注 1]
6,511,216
91.80
581,413
8.20
359,711
7,452,340
16,497,746
45.17
不通过
2
对等谈判[注 2]
6,319,663
92.05
545,911
7.95
578,574
7,444,148
45.12
不通过
来源：中央选举委员会（第1-2案（页面存档备份，存于互联网档案馆））
2008年
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该年度公投案共4案，分别于2008年1月12日与立法委员选举（第3案、第4案），以及2008年3月22日与总统选举（第5案、第6案）同日同时举行。其中第3案、第5案由前民主进步党主席游锡堃领衔提出，第4案由前财政部部长王建煊领衔提出，第6案由副总统参选人萧万长领衔提出。
案次
主题
同意
不同意
无效票
投票人数
投票权人数
投票率
投票结果
得票
%
得票
%
3
讨党产[注 3]
3,891,170
91.46
363,494
8.54
296,217
4,550,881
17,277,720
26.34
不通过
4
反贪腐[注 4]
2,304,136
58.17
1,656,890
41.83
544,901
4,505,927
26.08
不通过
5
台湾入联合国[注 5]
5,529,230
94.01
352,359
5.99
320,088
6,201,677
17,313,854
35.82
不通过
6
务实返联公投[注 6]
4,962,309
87.27
724,060
12.73
500,749
6,187,118
35.74
不通过
来源：中央选举委员会（第3-4案、第5-6案）
2018年
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主条目：2018年中华民国全国性公民投票
因《公民投票法》于2017年底在立法院通过修法，从提案人人数、连署人人数、公投通过票数、公投年龄等多方面降低了公投的门槛，而使本年度公民投票成为中华民国历史上，全国性公民投票案数最多的一次，也是首次有公投议案得到通过。
本年度公民投票案与九合一地方选举同时举办。所有有送出连署书给中选会审查的公投提案共计10案，其中仅以核养绿公投因连署合格份数为279,419份未达成立门槛281,740份，在经过10月17日再送件[4]23,251份后，10月23日中选会宣布成立，为全国性公民投票第16案。该年度公民投票在11月24日举行。
全国性公民投票案第 7 案至第 16 案公投公报 （页面存档备份，存于互联网档案馆）(含公民投票案之编号、主文、理由书、政府机关针对公民投票案提出之意见书、公民投票权行使范围及方式等资料)
案次
主题
同意
不同意
无效票
投票人数
投票权人数
投票率
投票结果
得票
%
得票
%
7
反空污[注 7]
7,955,753
79.04
2,109,157
20.96
715,140
10,780,050
19,757,067
54.56
通过
8
反燃煤发电[注 8]
7,599,267
76.41
2,346,316
23.59
823,945
10,769,528
54.51
通过
9
反日本核灾地区食品进口[注 9]
7,791,856
77.74
2,231,425
22.26
756,041
10,779,322
54.56
通过
10
民法婚姻限定一男一女[注 10]
7,658,008
72.48
2,907,429
27.52
459,508
11,024,945
55.80
通过
11
国中小不实施同志教育[注 11]
7,083,379
67.44
3,419,624
32.56
507,101
11,010,104
55.73
通过
12
非民法保障同性共同生活[注 12]
6,401,748
61.12
4,072,471
38.88
540,757
11,014,976
55.75
通过
13
2020东京奥运台湾正名[注 13]
4,763,086
45.20
5,774,556
54.80
505,153
11,042,795
55.89
不通过
14
以民法保障同性婚姻[注 14]
3,382,286
32.74
6,949,697
67.26
608,484
10,940,467
55.37
不通过
15
国中小性别平等教育明定入法[注 15]
3,507,665
34.01
6,805,171
65.99
619,001
10,931,837
55.33
不通过
16
废止电业法非核家园条文[注 16]
5,895,560
59.49
4,014,215
40.51
922,960
10,832,735
54.83
通过
来源：中央选举委员会（全国公投案概况）
2021年
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主条目：2021年中华民国全国性公民投票
2019年6月公投法三读通过后，确认下一次全国性公民投票将不会与2020年中华民国总统副总统及立法委员选举同时举办[5]。
根据修正后之公民投票法，下一次公投原定于2021年8月28日（第四个星期六）举行，但由于疫情影响，将延期至2021年12月18日举行[6]。
案次
主题
同意
不同意
无效票
投票人数
投票权人数
投票率
投票结果
得票
%
得票
%
17
核四商转[注 17]
3,804,755
47.16
4,262,451
52.84
78,494
8,145,700
19,825,468
41.09
不通过
18
反莱猪进口[注 18]
3,936,554
48.79
4,131,203
51.21
78,108
8,145,865
41.09
不通过
19
公投绑大选[注 19]
3,951,882
48.96
4,120,038
51.04
73,273
8,145,193
41.08
不通过
20
天然气接收站迁离藻礁海岸[注 20]
3,901,171
48.37
4,163,464
51.63
80,819
8,145,454
41.09
不通过
来源：中央选举委员会（全国公投案概况 （页面存档备份，存于互联网档案馆））
2022年（中华民国宪法增修条文第12条 - 宪法复决）
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主条目：2022年中华民国宪法修正案
参见：降低投票年龄运动
2022年3月25日，第十届立法院三读通过提出宪法修正案，将选举权与被选举权调整为年满18岁，根据宪法增修条文，将于公告半年后的三个月内进行公民投票复决[7]。
2022年4月15日中选会举行委员会议，会中讨论通过111年宪法修正案之复决案投票日期，定于111年11月26日（星期六），与地方公职人员选举同日举行投票。[8]
案次
主题
同意
不同意
无效票
投票人数
投票权人数
投票率
投票结果
得票
%
得票
%
宪1
18岁公民权
5,647,102
52.96
5,016,427
47.04
682,403
11,345,932
19,239,392
58.97%
不通过
2025年
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主条目：2025年中华民国全国性公民投票
案次
主题
同意
不同意
无效票
投票人数
投票权人数
投票率
投票结果
得票
%
得票
%
21
核三重启[注 21]